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标签上的菌种名，和基因组认定的种，可能不是一回事
一项发表于 World Journal of Microbiology & Biotechnology 的比较基因组学研究，对亚洲市场上五款在售益生菌产品中的「屎肠球菌（Enterococcus faecium）」做了全基因组测序。五株全部被鉴定为另一个种：Enterococcus lactis。
发布日期：2026 年 10 月 12 日 · 阅读时间约 6 分钟
这项研究做了什么
研究者取了 5 株来自亚洲市场商业益生菌产品的 E. faecium，和 5 株参考菌株一起做全基因组测序与表型比较。基于平均核苷酸一致性（ANI）和多位点序列分型（MLST），这 5 株产品来源的菌株被鉴定为 Enterococcus lactis，并聚成两个系统发育分支（Clade I：ST-812；Clade II：ST-76）。
两个分支的功能基因组谱也相应不同：Clade I 富集碳水化合物代谢和膳食纤维降解相关基因，Clade II 则偏向类胡萝卜素合成等方向。
安全性：结果是正面的
- 所有产品来源菌株均不含高风险耐药基因 vanA 和主要毒力因子 esp、hyl、gelE；
- 这些基因在同批研究的临床对照株 ATCC 51559 中是存在的；
- 表型上对青霉素、氨苄西林、万古霉素和四环素敏感，未检出 WHO 定义的关键抗生素的获得性耐药基因。
但体外功能评价显示，耐胃酸、耐胆盐和胆盐水解酶（BSH）活性在菌株之间差异显著。研究者由此强调：功能表现是菌株级的属性，不能按种一概而论。
为什么会这样：分类学跑在了常规鉴定方法前面
看到「标称 E. faecium、实为 E. lactis」，第一反应可能是有人掺了别的菌。但从已发表的证据看，更合理的解释是技术性的，而且是行业普遍面对的问题。
- E. lactis 是一个相对年轻的种。它于 2012 年从意大利生乳奶酪中被描述并命名。在此之前分离、保藏和命名的菌株，自然不会叫这个名字。
- 后来的基因组研究把一整个分支划了过去。基于全基因组的分析认为，E. faecium 的 Clade B 菌株应当重新归入 E. lactis；同一研究还发现这些菌株缺少与医院感染相关的标记（IS16、hylEfm、esp）以及与氨苄西林耐药相关的 PBP5 等位型。
- 常规鉴定手段分不开这两个种。有研究者专门设计了针对 gluP 基因的 PCR 来区分两者——该基因在两个种之间的核苷酸序列相差 90% 到 92%。至于 MALDI-TOF，同一篇研究认为其结果「有希望」，但在用于常规鉴定之前，还需要建立足够完备的 E. lactis 质谱库。
「许多益生菌或饲料配方中所含的 E. faecium，实际上可能对应的是 E. lactis。」—— Microbiology Spectrum，关于区分两个种的研究
换句话说：这不是一个「谁在造假」的问题，而是一个种的边界被重新划定之后，上游的鉴定手段没有跟上。但对买方来说，后果是一样的——规格书上的菌种名，和基因组认定的种，可能对不上。
对采购方意味着什么
一、法规和标签是按菌种名走的
可用菌种目录、产品标签、注册与备案资料，使用的都是种名。如果基因组认定的种与标称不一致，需要核对的不只是一张标签，而是整条文件链。
二、文献支撑可能在中间断开
如果一份宣称材料引用的是 E. faecium 的研究，而手上这一株在基因组上属于 E. lactis，那么这条证据链在种的层面就不连续了。更根本的一点在下一条。
三、安全性和功能都是菌株级的结论
这项研究本身就是例证：同一批次里，产品来源菌株不带 vanA 和主要毒力因子，临床来源的对照株带。而耐酸、耐胆盐、BSH 活性在菌株之间差异显著。「这个种是安全的」或「这个种有某项功能」，都不是能直接套用到具体菌株上的说法。
怎么确认：ANI 是目前的判定依据
原核生物的种界限，目前公认以全基因组平均核苷酸一致性（ANI）为准，常用阈值在 95% 到 96% 之间。16S rRNA 测序、生化鉴定和常规 MALDI-TOF 谱库，在属和多数种的层面足够用，但在 E. faecium 与 E. lactis 这种近缘种之间，并不足以定种。
拜弗德的做法
菌种身份属于可以客观确认的事，不应该停留在「历史上一直这么叫」。对于种属归类存在疑问、或客户需要据此准备注册与合规材料的菌株，拜弗德可应客户要求安排全基因组测序与 ANI 种属确认，并把鉴定结论写入随货文件，确保交付的菌种与客户规格书上写的是同一个。
如果您正在核对手上肠球菌类原料的菌种归属，或需要为某一菌株补齐种属鉴定依据，欢迎告诉我们菌株编号和应用场景。
联系我们参考文献
- Comparative genomic and phenotypic profiling of commercial probiotic Enterococcus faecium strains: insights into safety and functional attributes. World Journal of Microbiology & Biotechnology, 2026-09-27. PubMed 42801401
- Genome-based studies indicate that the Enterococcus faecium Clade B strains belong to Enterococcus lactis species and lack of the hospital infection associated markers. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 原文
- Distinction between Enterococcus faecium and Enterococcus lactis by a gluP PCR-based assay. Microbiology Spectrum. 原文
- Morandi S. 等，Enterococcus lactis sp. nov., from Italian raw milk cheeses，2012。
本文为已发表研究的摘要与解读，用于说明菌种鉴定方法，不构成对任何产品功效的声明，也不针对任何特定企业或品牌。文中研究结论仅适用于原文所涉菌株与实验条件。